尽管雷贝拉唑钠肠溶胶囊和奥美拉唑全是质子泵缓聚剂，但是二者是有差别的。

雷贝拉唑钠肠溶胶囊的主要成分是雷贝拉唑钠。雷贝拉唑为第3代质子泵抑制药，特异性地功效于胃粘膜体细胞质子泵(H -K -ATP酶)的所属位置，抑止H -K -ATP酶的特异性，阻隔胃液代谢，另外对亚硝胺、五肽胃泌素及刺激性交感神经造成的胃液代谢也是有显著的抑制效果，因为其亲脂性强，非常容易透过细胞质，并溶于于酸性物质，所以能迅速随便地进到到胃粘膜壁细胞的每个微小的代谢小管当中，具有减少H -K -ATP酶的特异性的功效，进而减轻返流的病症及其痊愈胃粘膜的损害。

奥美拉唑也是质子泵缓聚剂，是一种脂溶性弱碱性药品。易浓集于酸碱性自然环境中，特异性地功效于胃粘膜壁细胞顶部膜组成的代谢性微管和胞质内的管形泡上，即胃粘膜体细胞质子泵(H ，K -ATP酶)所属位置，并转换为亚磺氟苯的特异性方式，根据二硫键与质子泵的巯基产生不能逆向行驶的融合，进而抑止H ，K -ATP酶的特异性，阻隔胃液代谢的最终流程，使壁细胞内的H 不可以装运到胃大弯中，使胃酸中的酸成分大幅降低。对基本胃液和刺激性造成的胃液代谢都是有较强的抑制效果。