泮托拉唑也具备许多 优点，如在弱酸性自然环境中比奥美拉唑以及他类似药品更平稳，从分子结构水准表面与质子泵具备高宽比可选择性的融合，在抑酸抗压强度上而言是比奥美拉唑要好的。

除此之外泮托拉唑在肝脏内新陈代谢，对肝药酶（细胞色素P450）的影响偏弱，另外与多种多样药品共用沒有显著的互相影响（如地西泮、卡马西平、双氯芬酸、地高辛、酒精、格列本脲、美托洛尔、硝苯地平、苯妥英钠、氨茶碱、华法林和避孕药等）。这一点也比奥美拉唑要好。

短时间应用泮托拉唑的药品副作用较奥美拉唑少，副作用的发病率比奥美拉唑低。偶可造成上腹部疼痛、腹胀、头昏、失眠、恶心想吐、腹泻、便秘、皮疹、肌肉疼痛等不适感，若大使用量应用可造成心律失常、转移酶上升、肾脏功能改变、粒细胞减少等。但平常人谁会长期性而很多应用该药品呢？因而药品都不可以放到小朋友易触碰的地区。