病菌感染也可能导致芒果黑色斑，这在其中较为普遍的便是芒果角斑病（也叫芒果黑斑病）。芒果黑斑病是一种细菌感染病虫害，可由降水散播，一般 伤害主茎的叶和嫩茎。但假如在芒果开花结果期降水较多，则可能让病源粘附在果子表层，进而导致灰黑色溃疡状斑。但是非常值得幸运的是，假如这一病虫害产生在芒果採摘前，那麼仅仅促使芒果的色香味俱全不太好，而瓜瓤则一般 不会受到影响。

炭疽病危害也可造成 芒果表层出現黑色斑。幼果被害后最开始出現红色斑点，扩张后出現近环形的灰黑色凹痕病斑或全部果子发黑烂掉，造成 很多掉果。芒果果子炭疽病更普遍产生在采后环节，果子青熟採收后在储藏全过程中，在果面由此可见边沿模糊不清的环形灰黑色或深褐色的病斑，不一样尺寸的病斑可互相痊愈产生重大疾病斑遮盖果面，或常展现“泪痕”。