1、主要产地不同

南柴胡：江苏、安徽、东北、西北各地柴胡(北)的功效与作用。

北柴胡：河北、河南、东北和西北各地柴胡(北)的功效与作用。

2、形态特征不同

南柴胡：形状较细，多不分枝柴胡(北)的功效与作用。根头部多具明显的横向疣状突起,顶端密被纤维状叶基。高30-60厘米。主根发达，圆锥形，深红棕色；茎单一或2-3枝丛生；叶细线形，散形花序，花瓣黄色；果广椭圆形。

北柴胡：圆锥形，常分枝柴胡(北)的功效与作用。根头部有残存茎基，纤维状叶基少或无。高可达85厘米。主根坚硬较粗大，棕褐色，茎表面有细纵槽纹，实心。叶表面鲜绿色，背面淡绿色，常有白霜；花瓣鲜黄色，上部向内折，花柱基深黄色。