很多人都知道水疗对身体的好处，但是水疗可能会严重影响身体健康。英国健康保护署说，没有严格的清洁和消毒程序的话，水疗池或浴缸可能藏有可致病甚至致命的病菌，这些细菌对我们的健康有着十分大的威胁。

水疗里的有害物主要是细菌，最大的威胁来自军团病，这种疾病可导致严重呼吸困难。过去五年已有五宗与水疗池有关的军团病报告，导致四人死亡。类以流感的庞蒂亚克热病亦是一个威胁。，当中的发现令人忧虑。其它危险包括水中含有可能导致致命脑膜炎的奈格式阿米巴变型虫，亦可能滋生可引致角膜炎的棘阿米巴变型虫。水疗浴池没有经过定时消毒，将有病毒和隐孢子虫存活。后者是一种病原体，能导致严重不适和胃痛，这样对胃部也有一定的损害。

怎么防止水疗的细菌侵蚀自己呢？保持头发不沾水，及避免吞下浴池的水。水疗池之所以容易受感染，是因为使用者都挤在一个细小的范围内，肯定令水有高浓度的有机物质，例如鼻子里的粘液、口水、汗水、死皮、防晒油、化妆品、洗发水或肥皂、毛发，大小便等，这些为细菌的生长提供了很好的条件。