黄连与黄芩皆味苦，性寒，色黄，同归于胆、胃、大肠经，皆能清热燥湿，泻火解毒，可治肠辟、下痢等湿热为患之疾，功能有些相似，为临床上所常用黄连的炮制作用。然而，二药无论从药性及其治疗病症来说，又确有所差异。

　　《伤寒杂病论》中，含有黄连的经方有13个，含有黄芩的经方有25个黄连的炮制作用。这些经方为我们在临床上如何运用这两味药作出了示范，值得认真研究。

　　仲景用药多紧贴《本经》黄连的炮制作用。《本经》云：黄连“主热气目痛、眦伤、泣出、明目，肠辟，腹痛，下痢，妇人阴中肿痛”；黄芩“主诸热，黄疸，肠辟，泄痢，逐水，下血闭，恶疮，疽，蚀，火疡”。

　　纵观仲景经方中对黄连、黄芩的运用可以看出，黄连更偏于入心经，泻心火，并治不寐、心烦及上腹部不适感等涉及神志方面的病状黄连的炮制作用。立六个泻心汤：黄连阿胶汤用之治失眠，为补剂中泻药。清代医家邹润安认为，以其证属阴虚阳盛，阳盛则宜泻火。还如后世之交泰丸（黄连、肉桂），亦治心肾不交之失眠者。故南京中医药大学黄煌教授总结说，黄连“主治心中烦，兼治心下痞、下利”；“见有烦而痞，烦而利者，多用黄连”。

　　临床凡见目赤、牙痛、口舌生疮、呕吐及消渴等症，大多与火邪有关，以火性炎上，又消灼津液，故常用黄连以泻火黄连的炮制作用。邹润安云：“黄连为心胃之剂，呕吐为胃病，故后世治呕用黄连其效最捷，盖上升皆火之变见”；“二方（指黄连汤和黄连阿胶汤）皆以黄连为君，二证皆发于心，可见黄连为泻心火之剂矣”。

　　须得特别指出的是：黄连苦寒而燥，黄芩虽苦寒而不燥；黄连能治湿生之热，但不能治热生之湿，而黄芩却能治热阻生湿黄连的炮制作用。故《本经》云黄芩“逐水”，《别录》云其“利小肠”。由于手、足阳明皆属燥金，与性燥之黄连同气相求，故大肠、胃及胆如被湿热所扰，皆宜此苦寒而燥者治之。所以黄连有“调胃厚肠”之功效是确切无疑的。笔者平时治胃痛、胃胀或胃痞者就喜用黄连（配伍蒲公英、麦冬、夏枯草等药），疗效颇佳。

　　与黄连不同的是，黄芩更偏于入肺经，长于清泄肺热，如疗痰热咳嗽等疾，以治气分之热为专功黄连的炮制作用。黄煌认为，“烦热是使用黄芩的重要指征”，“黄芩证中烦热极为重要”，“黄芩主治烦热而出血者，兼治热利、热痞”。当年李时珍患骨蒸发热、肤如火燎，每日吐痰盈碗，即用黄芩一两煎服而愈。邹润安说：“黄芩治自里达外之热”，又“阴虚气盛热自内出者，黄芩亦能治之”；“凡气以热滞致血缘气阻者，得气之调则行，此黄芩之专司也”；“大率黄芩所治之小腹绞痛，必烦热，必口渴，必小便有异于常”。《千金》治小儿腹痛三方（地肤子汤、蒲黄汤等），均为气热攻血，故方中皆用黄芩。再如黄芩所治之黄疸，其特征是“一身面目悉黄”（据《千金》治黄方），可知疸证非一身面目悉黄者不可用。泄利无热者亦不可用。