菌盖表层有表皮层。在表皮层真菌里带有不一样的黑色素，因此使菌盖展现各种各样不一样颜色。表皮层下边就是菌肉，一般由长形的絮状真菌构成，有的则由彭大的泡囊状真菌构成。菌肉色调及其负伤后色调的转变，常因类型不一样而不一样。一般菌肉厚呈乳白色或污乳白色，有的呈浅黄色或鲜红色等。

一些蘑菇菌柄处会出现囊状体，称之为柄生囊状体。，非常是一些牛肝菌的菌管处还可能有管缘囊状体，这种囊状体全是细胞组成的，根据光学显微镜能够 见到，他们一般生长发育在菌髓里。

很多菌类还会继续有鱼鳞，绝大多数存有于菌盖上或是菌柄上，他们一种是纸版，由很多胶原纤维和小量彭大细胞组成；而有的菌类鱼鳞是非常容易粉碎的膜质，他们由小量胶原纤维和很多彭大细胞组成。彭大体细胞等于混凝土，胶原纤维等于建筑钢筋，因而许多 菌类我们能够 根据他们的鱼鳞硬软、掉下来水平、色调、样子来辨别蘑菇种类。