我国加强了对知识产权的保护，但是对国家知识产权局经验丰富的专利审查员们来说，审核中医药知识产权申请是件麻烦事。国家知识产权局专利局医药生物发明审查部部长说，中医药实践性强、理论自成体系，与西医药的区别较大，无法统一在一个标准中。而且中医药的很多名称不规范，有的药材在不同地区叫法不同，审查员们经常反映中药材名称不易审核，中医药知识产权保护面临的另一问题是，中药原料来自自然界，在制作过程中，成分有时会发生改变，所以很难确定其成份，这就加大了中医药知识产权的保护的难度。

中医药知识产权的保护困难有许多的因素，除了这些与现行知识产权制度不相容的特点外，中医药知识产权难以保护的另一个重要原因是中医药行业的现代化进程比较缓慢。专家总结了三点：一是中医药行业比较传统，创新意识不足。虽然近些年一直在提倡中医药现代化，但目前还是以继承为主。二是中医药行业很注重行政保护，进入市场经济后，中医药行业的适应性不强。三是中医药行业比较注重国内竞争，较少关注海外市场。我国加入WTO后，中医药行业就显得竞争力不足。国外专利申请很少，这不利于占领国外的市场，这也让外国人有机可乘，霸占了中国的知识产权。

那么，怎么改变这一现状呢？很多专家认为，对于中医药等传统文化而言，这样的制度并不平等。中国中医科学院教授、中国医史文献研究所所长、国家非物质文化遗产保护工作委员会委员说：“有些千百年来我们一直在使用的中药，被某家公司或个人开发并申请专利后，就变成了公司或个人所有，其他人再使用就要支付专利费用。当传统知识遭遇当今的科学技术时，我们的确该思考对策。”山西振东集团有限公司是以生产中药为主的企业，公司总裁李安平认为，在目前情况下，中药企业可以为一些重要药品申请多个专利，形成专利池，以此保护该药品不被侵权，使我国的中医药文化受到良好的保护。