垃圾很影响我们的环境，疾病预防控制中心环境所所长表示，当前的灾区面临的环境问题主要是厕所、垃圾和污水。虽然很多问题和工作是环保、建设、水务等部门的，但是卫生部门却不能不提前提出相关建议并参与管理，比如安置点的选址、垃圾的卫生学评价、厕所的无害化设计建设等。因为这直接关系到疾病的预防。如果不主动参与把工作做在前边，日后出了问题要被动应对的还是卫生部门。最终这些问题还是需要解决。

怎样处理垃圾的问题呢？在板房安置点，建设部门制定的厕所修建技术等指导文件还不能完全落实。专家们认为，目前建设、卫生、环保、水利等相关部门都提出了与卫生防疫有关的指导文件，但是有些设想、要求在山区难以实现。虽然中央政府层面已经形成了多部门协商的机制，但是由于缺少专家队伍的具体支持指导，基层的协调和具体方案的落实力度还需要加强，这对垃圾的处理才会有利。

有关研究人员认为，在目前防疫工作中全社会对消毒问题的期望值过高，甚至有人认为只要消毒就能解决防大疫的问题。“多年的过渡期对疾病预防是个挑战，必须在规划中优先考虑环境卫生问题。”“环境卫生是防疫的基础，也是制高点。这个制高点占不住，灾后无大疫就难以保证。所以先保护环境是非常重要的。