调控区的改变对于有机体的进化起到的重要作用是通过影响蛋白质序列的变化来实现的。有关酵母的发现如今表明，启动区变异的衔接重复序列是之前未被发现的导致转录水平差异的原因。这一机制可能对基因表达的进化作出了实质性的贡献。尽管许多TR都发生在基因间，但它们同时亦存在于编码和调控区。研究人员经过测序的酿酒酵母菌株中有很多，启动区包含有多个TR，并且许多启动区的TR在不同的酿酒酵母菌株之间拥有不同数量的重复单元。他们估计，与非重复序列中的插入—删除和点突变相比，TR发生变异的频率要高出数倍，这也就是说，TR发生的频率要比非重复序列中的插入—删除和点突变要高很多。

既然在TR中会出现变异，那么这种变异会影响基因表达吗？研究人员发现，与启动区缺乏TR的基因相比，启动区包含TR的直向同源基因在转录活性上表现出了更高的趋异。此外，在表达下降后，利用改造基因构造从而增加启动区TR的重复单元数量的实验增加了一个分离点的基因表达。对于SDT1基因——能够赋予核苷类似物以抗性——而言，变化启动区中的重复单元数量具有功能性结果，即把TR长度的差异与细胞的生长能力差异联系起来。由此可见，TR的变异会对基因的表达产生一定的影响。

启动区TR可变性在进化能力中扮演了一个角色，而研究人员同时也提供了有力的证据。使用两个选择标记中的一个标记被置于包含TR的启动区的下游的菌株，他们在为了增加标记表达的几轮选择后便观察到TR长度的变化。对这两种标记而言，具有几个重复单元的TR更受到偏爱——符合大多数高度表达的基因工程结构。当相同菌株在没有选择的情况下生长时，在TR长度上仅看到了更少的变化，同时那些发生的变化则表现出了一个有关长度的更广泛的分布状态。此外，利用一种类似的、不重复的序列替代TR排除了伴随增加的表达所出现的突变。突变的减少会对人的身体减少一定的伤害。